1949年12月7日，行政院决定迁往台北。大陆时期的中央机构随之在台湾重建，人员只剩下一小部分。情报与治安机构的变化，比一般行政机构更早开始：1949年5月，台湾省政府和台湾省警备总司令部已宣布全省戒严；1950年代前半期，蒋介石和蒋经国对大陆时期各自为政的几套情治系统进行了整编。

保密局与情报局

1946年3月戴笠坠机身亡后，军统局于同年改组，主体部分成为国防部保密局，郑介民任局长，毛人凤任副局长并主持实际工作，后来接任局长。内战后期，保密局在大陆各地的组织大量瓦解，沈醉在昆明随卢汉起义，徐远举、周养浩等人被俘。

保密局随国民政府迁台后，一方面负责岛内的「肃谍」，破获中共在台湾的地下组织：1950年，中共台湾省工作委员会书记蔡孝乾被捕后供出组织，大批成员被捕，国防部参谋次长吴石等人因案被处决。另一方面，保密局继续向大陆派遣人员。1955年，保密局改组为国防部情报局，1985年又与特种情报室合并为军事情报局。

调查局

中统在大陆时期名为中央执行委员会调查统计局，1947年改为党员通讯局，1949年改组为内政部调查局，1956年改隶司法行政部。1980年司法行政部改称法务部，调查局随之称法务部调查局。调查局的业务从大陆时期的党务调查，转为防谍、侦办叛乱案件、经济犯罪和贪污案件，人员在1970年代以前仍以中统旧人为主。CC系的领袖陈立夫1950年离开台湾，旅居美国近二十年，CC系作为派系在台湾基本失势。

政工系统

1950年4月，国防部设立总政治部，蒋经国任主任，1963年改称总政治作战部。蒋经国1925年到1937年在苏联生活，读过莫斯科中山大学，对苏联红军的政治委员制度相当熟悉。台湾军中的政工制度在各级部队设立政工干部，负责政治教育、官兵思想考核和保防工作。1951年，政工干部学校在北投成立。

政工制度推行之初在军中阻力很大。美国军事顾问团对军中政工多有批评，部分军事将领也不满政工干部对部队指挥的干预。1955年，陆军总司令孙立人因部属郭廷亮被指为匪谍而受牵连，被解除职务，此后长期遭到软禁，直到1988年才恢复自由。孙立人案的经过，至今仍有许多争议。

国家安全局与警备总司令部

1955年，国家安全局成立，负责统筹协调各情报机构。1958年，台湾警备总司令部成立，掌管戒严体制下的治安、出入境管制、邮电检查和出版审查，许多政治案件由警备总部侦办、军法审判。这一时期的政治案件后来被称为「白色恐怖」，受难者数以千计，其中有中共地下党员，也有大量被株连、被诬告的人。

机关、学校和公营事业普遍设立人事室的「安全」单位或「保防」组织，负责人员的安全审查和监视。这一套保防制度一直延续到解严前后。

对大陆的行动与美台合作

1950年代，台湾的情报机构多次向福建、广东沿海派遣武装小组，进行骚扰和渗透，大多被歼灭或俘获。1951年起，美国中央情报局以「西方公司」（Western Enterprises）的名义在台湾和外岛活动，协助训练游击部队、向大陆空投人员。1954年12月，美台签订《共同防御条约》，美方在台湾设有军事援助顾问团。

1960年代以后，美台情报合作转向技术侦察。空军第三十五中队（「黑猫中队」）从1961年起驾驶美国提供的U-2高空侦察机飞越大陆，拍摄核试验和导弹基地，先后有多架被击落；另有低空侦察的第三十四中队（「黑蝙蝠中队」）。这些行动的情报主要供美方使用，1974年随着中美关系改善而结束。

制度的延续与转型

从大陆到台湾，国民党的情报体系经历了一次整编：大陆时期军统、中统互相竞争、依赖个人关系的局面，在台湾被纳入国家安全局统筹、各机关分工的体系，蒋经国在其中起了主导作用。这一体系的代价，是长达三十八年的戒严和大量政治案件。

1987年7月15日，台湾解除戒严；1991年终止动员戡乱时期，1992年修正刑法第一百条，废除「言论叛乱罪」，同年警备总司令部裁撤。国家安全局、调查局、军事情报局等机构继续存在，1990年代以后逐步接受立法机构的监督。关于白色恐怖时期的档案公开和转型正义，至今仍在进行。

本系列从清代密折写起，讨论了民国情报机构的来源、上海战场、外部力量、军统、中统、中共特科、金融与知识界，到这里结束。

延伸阅读

  • Hsiao-ting Lin, Accidental State: Chiang Kai-shek, the United States, and the Making of Taiwan (Cambridge, MA: Harvard University Press, 2016)；中译本《意外的国度》
  • Bruce J. Dickson, Democratization in China and Taiwan: The Adaptability of Leninist Parties (Oxford: Clarendon Press, 1997)
  • Steven E. Phillips, Between Assimilation and Independence: The Taiwanese Encounter Nationalist China, 1945–1950 (Stanford: Stanford University Press, 2003)
  • 龚宜君《「外来政权」与本土社会：改造后国民党政权社会基础的形成（1950—1969）》
  • 陈翠莲《重构二二八：战后美中体制、中国统治模式与台湾》