1938年春，长沙临时大学的师生分三路抵达昆明，发现这座边城根本没有现成的地方容纳一所大学。教育部4月发令改名国立西南联合大学，5月4日开课时，学校只能分散借用城里的房子：理学院借用昆华农业学校，工学院设在城东拓东路的迤西会馆、江西会馆和全蜀会馆，文学院和法商学院在昆明找不到地方，暂时迁到二百多公里外的蒙自。

昆明当时由龙云主政，云南在战前与中央的关系若即若离，全面抗战后成为大后方的门户。龙云对联大迁入持欢迎态度，省立云南大学1937年起由数学家熊庆来任校长，联大不少教授也在云大兼课。滇越铁路通向越南海防，战争初期大批物资和人员经这条铁路进入内地，昆明的人口和物价在几年里都急剧上升。

蒙自半年

蒙自是滇南的旧通商口岸，滇越铁路开通后商务衰落，城里留下一批空置的洋式房屋。联大蒙自分校借用了旧海关、法国领事馆旧址和希腊商人开设的哥胪士洋行，教室、宿舍、图书室都安置在这些房子里。陈寅恪、钱穆、朱自清、闻一多等教授在这里上了一个学期的课。蒙自城小，师生常到南湖散步，湖边的菘岛、军山后来多次出现在他们的回忆文章里。

1938年8月，昆明的房子有了着落，蒙自分校结束，文、法商两院迁回昆明。同年联大增设师范学院。

新校舍

联大在昆明城西北、大西门外购得一片土地，建造自己的校舍，时人称为「新校舍」。设计工作请梁思成、林徽因承担。两人此时也在昆明，他们主持的中国营造学社1938年从长沙迁到这里。据当事人回忆，设计方案因为经费屡次压缩而一改再改，从楼房改为平房，材料也一降再降。

1939年春夏之交，新校舍陆续启用。最后建成的房子分三等：学生宿舍是土坯墙、茅草顶；教室是土坯墙、铁皮顶；只有图书馆和食堂用了瓦顶。窗户没有玻璃，只开木格窗洞。宿舍是长条形的大通间，上下两层木床，一间住几十个学生。教室里没有课桌，学生坐的是右侧带一块木板扶手的椅子，扶手就是写字的桌面。

昆明雨季长，雨点打在铁皮屋顶上声音很大，讲课常常被盖过。联大流传着一则轶事：一次雨声大到无法讲课，经济系教授陈岱孙在黑板上写下「下雨停课，静坐听雨」几个字。这则轶事版本不一，情形大致可信。

新校舍只容得下一部分院系。工学院一直留在拓东路的会馆里，师范学院另有校址，教职员大多在城内外租房居住。清华的文科研究所设在城北龙泉镇的司家营，闻一多一家在那里住过几年；北大文科研究所和中央研究院史语所也在龙泉镇一带。教授们每周进城上课，往返要走十几里路。

叙永分校

1940年9月，日军进驻越南北部，滇越铁路中断，昆明的局势一度紧张。国民政府曾考虑让联大迁往四川，联大在川南的叙永县设立分校，1940年秋季入学的一年级新生和部分先修班学生在叙永上课，借用当地的文庙、祠堂和寺庙作教室与宿舍。叙永地处川黔交界的山区，交通不便，物资也匮乏。一年后，昆明局势趋于稳定，全面迁校的计划作罢，1941年夏叙永分校撤销，师生回到昆明。

同一年，梁思成、林徽因在昆明北郊龙头村用借来的钱盖了一座小房子，这是两人一生中唯一为自己设计建造的住宅。房子刚落成不久，中国营造学社决定随中央研究院史语所迁往四川李庄，1940年底梁家离开昆明，在那所房子里只住了几个月。

轰炸与拆顶

1938年9月28日，日军飞机第一次轰炸昆明。此后几年里空袭不断，联大所在的城西北一带多次被炸。1940年10月和1941年8月的两次轰炸中，联大的师范学院、新校舍的宿舍和办公用房都有损毁，图书和仪器也有损失。学校一边修补，一边照常上课。

物价上涨是另一重压力。1940年代初，联大的经费远远跟不上物价，校舍无力维修。据当事人回忆，学校曾把一部分铁皮屋顶拆下变卖，换钱补贴开支，教室改盖茅草。雨声小了，漏雨却多了。

身后

1946年联大结束，三校北返，新校舍留给了独立建校的国立昆明师范学院，即今天的云南师范大学。原有的土坯房大多在后来的建设中拆除，校园里复建了一间铁皮顶的教室，按当年的样式摆着带扶手的木椅。教室旁边，是1946年5月立起的联大纪念碑。