1946年5月4日上午，西南联大在昆明新校舍的图书馆举行结业典礼，随后师生来到校园东北角，为「国立西南联合大学纪念碑」揭幕。碑文由冯友兰撰写，闻一多篆额，罗庸书丹，记述三校合作八年的经过。碑的背面刻着抗战期间从军学生的名字，共八百三十四人。
典礼之后，三校师生开始分批北返。交通工具极为紧张，学校组织了汽车队，经贵阳、长沙北上，也有人设法搭乘飞机或轮船。北大、清华回到北平，南开回到天津。联大的师范学院留在昆明，独立为国立昆明师范学院。
联大的学生此后去向各异。有人随三校北返继续学业，有人进入政府、报馆、学校工作，有人出国留学，也有人投身政治运动。1945年，李政道从联大物理系被选派赴美，1946年杨振宁也已在美国芝加哥大学读研究生。
师生离开昆明的时候，城里的局势并不平静。7月11日，民盟负责人李公朴在昆明遇刺；7月15日，闻一多在参加李公朴的追悼会后，在西仓坡联大教职员宿舍附近遇刺身亡。梅贻琦此时还在昆明处理联大的善后事务。
