1913年3月20日晚十时许，宋教仁在上海沪宁铁路车站准备乘夜车北上，黄兴、于右任、廖仲恺等人到站送行。一行人走向检票口时，一名刺客从背后开枪，子弹从腰部射入。宋教仁被送往附近的沪宁铁路医院，两天后的3月22日凌晨去世，终年三十岁。
宋教仁这次北上，是应袁世凯之邀赴京商议国是。国民党刚刚在第一届国会选举中取得参众两院的最多议席，按照《临时约法》规定的责任内阁制，国会多数党有望组织内阁，宋教仁是呼声最高的总理人选。他遇刺身亡以后，案件的线索很快指向北京，南北之间的政治妥协随之破裂。
从桃源到东京
宋教仁字钝初，号渔父，1882年生于湖南桃源。他少年时入县里的漳江书院读书，1902年考入武昌文普通中学堂，在学堂里结识了一批主张革命的湖南、湖北青年。1903年，他与黄兴、陈天华等人在长沙组织华兴会，次年参与筹划长沙起义，事泄后亡命日本。
在东京，宋教仁先与同乡创办《二十世纪之支那》杂志，1905年参与组建中国同盟会，被推为司法部检事长，该杂志也改组为同盟会机关刊物《民报》的前身。此后几年，他先后在法政大学和早稻田大学学习，并翻译、编写了大量关于各国政治制度的材料，涉及日本、英国、德国、美国、奥匈帝国等国的宪法、官制、财政和地方制度。他留下的日记，详细记录了这段读书、交游和办报的生活，后来以《我之历史》为题出版。
1907年，宋教仁与白逾桓等人前往辽东，联络当地的绿林武装，筹建同盟会辽东支部，计划在东北发动起事，因白逾桓被捕而中止。他在东北停留期间，注意到日本对图们江以北地区的领土企图，这是他研究边疆问题的起因。
宋教仁对东北边疆问题下过功夫。日本调查「间岛」问题，企图把图们江以北的延边地区说成归属未定之地，宋教仁搜集中、日、朝三方史料，写成《间岛问题》一书，论证该地区历来属于中国。书稿经人转交清政府驻日使馆，在后来的中日交涉中起过作用。
中部同盟会与辛亥
1910年底，宋教仁回到上海，主持《民立报》笔政，以「渔父」等笔名发表大量时评。同盟会在华南边境的历次起义失败以后，宋教仁主张把革命重心移到长江流域，1911年7月底与谭人凤、陈其美等人在上海成立同盟会中部总会，负责联络两湖、江浙的革命力量。宋教仁对革命方略有过比较完整的考虑：在首都或北方起事为上策，在长江流域起事为中策，在边境起事为下策。同盟会历年在两广、云南边境的起义属于下策，中部总会的设立，意在把力量转向中策。中部总会派人到武汉，与新军中的文学社、共进会两个革命团体建立联系，推动两团体合作，这对武昌起义的发动有直接影响。武昌起义爆发后，他赶到武汉，参与起草《中华民国鄂州约法》，这是民国最早的一部地方宪法性文件。
在南京临时政府的筹组过程中，宋教仁主张采用内阁制，由内阁总理对议会负责，总统不直接掌握行政。孙中山回国后主张总统制，认为非常时期需要集中权力，不宜在总统之上再设一个对议会负责的内阁。各省都督府代表联合会最终按孙中山的意见，依据《临时政府组织大纲》实行总统制。孙中山提名宋教仁为内务总长，代表会议没有通过，宋教仁改任法制院院长，负责起草各项法制。1912年2月以后，袁世凯即将接任临时大总统，参议院制定《临时约法》时改为责任内阁制，宋教仁的主张在新的形势下成为约束袁世凯的制度安排。1912年3月11日公布的《中华民国临时约法》规定，临时大总统公布法律、发布命令须经国务员副署，国务员对参议院负责，参议院对国务员有弹劾权。按照这一设计，总统的实际权力取决于内阁，内阁的稳定又取决于议会中的政党力量，宋教仁此后的政治活动都围绕着这一点展开。
政党内阁的设想
1912年3月，唐绍仪组阁，宋教仁任农林总长。唐绍仪与袁世凯在用人和施政上屡生冲突，6月辞职出京，宋教仁等同盟会阁员随之辞职。宋教仁从这次经历中认定，只有一个在国会中占多数的政党独立组阁，内阁才有实权，混合内阁只会被总统架空。
为此，他着手改组同盟会。1912年8月，同盟会联合统一共和党、国民共进会、国民公党、共和实进会，组成国民党，推孙中山为理事长，孙中山委托宋教仁代理理事长，党务实际由宋教仁主持。新党纲领比同盟会时期温和，去掉了「平均地权」等条文，以便吸收更多立宪派和地方士绅。
1912年底到1913年初，第一届国会选举在各省陆续进行。选举采用复选制，选民资格有财产和教育程度的限制，登记选民约四千万人。宋教仁在湖南、湖北、安徽、江苏、上海等地巡回演说，公开批评袁世凯政府的外交和财政，主张由国会制定宪法、组织政党内阁。选举结果，国民党在众议院和参议院都成为第一大党，席位超过共和、统一、民主三党的总和，但并没有在两院都获得绝对多数。
宋教仁在各地演说的内容，后来由报纸整理刊出，要点有几项：内阁应由国会多数党组织，对国会负责；宪法应由国会制定，总统无权干预；地方应实行一定程度的自治，省长由民选产生；政府对外借款应经国会同意。他还批评袁世凯政府在外蒙古问题上处置失当、财政上依赖外债。这些言论引起了北京方面的高度警惕，有人劝他防备暗算，他没有加强戒备。
刺宋案
刺客武士英当场逃脱，数日内即被捕获，同案的应桂馨在上海被公共租界巡捕搜查住处，搜出大批往来电报和信函。这些电报显示，应桂馨与北京政府内务部秘书洪述祖之间有密切联络，洪述祖又直接对国务总理赵秉钧负责。上海地方检察厅据此发出传票，要求赵秉钧到案，赵秉钧以病推辞。
案件的审理很快陷入停顿。武士英在关押期间暴毙，应桂馨在二次革命期间越狱，1914年在京津间的火车上被杀；赵秉钧于1914年在天津督署内突然死去；洪述祖逃往青岛德国租界，1917年回上海时被宋教仁之子宋振吕等人抓获起诉，1919年在北京被判处绞刑。袁世凯本人与刺宋案的关系，由于关键人物先后死亡，史学界至今存在不同看法：一种意见认为袁世凯是主使者，另一种意见认为刺杀出自赵秉钧、洪述祖等人揣摩上意或自作主张，袁世凯至少负有纵容的责任。
宋教仁临终前曾口授一封致袁世凯的电报，希望袁世凯「竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法」。国民党内部对如何回应刺宋案意见不一，孙中山主张立即兴兵，黄兴等人主张依法解决。1913年4月，袁世凯政府与五国银行团签订善后大借款，未经国会通过，6月又罢免了江西都督李烈钧等三位国民党籍都督。7月，二次革命爆发，两个月内即告失败。同年11月，袁世凯下令解散国民党，取消国民党籍议员资格，国会因不足法定人数而无法开会。
身后
宋教仁的遗体葬于上海闸北，墓地所在后来辟为宋公园，即今天的闸北公园。
宋教仁在世三十年，从事革命的时间不足十年，担任政府要职的时间不到半年。他主持改组的国民党在他死后八个月被解散，他所设想的由国会多数党组阁的制度，在北洋时期始终没有真正运行过。
生平简表
- 1882年 生于湖南桃源。
- 1903年 与黄兴等组织华兴会。
- 1904年 长沙起义事泄，亡命日本。
- 1905年 参与创立中国同盟会，任司法部检事长。
- 1908年前后 撰写《间岛问题》。
- 1910年 回上海主持《民立报》笔政。
- 1911年 在上海成立同盟会中部总会；参与起草《鄂州约法》。
- 1912年 任南京临时政府法制院院长、唐绍仪内阁农林总长；8月主持组建国民党，代理理事长。
- 1913年 国民党在国会选举中成为第一大党；3月20日在上海车站遇刺，22日去世。
